人間界に修行にやってきた魔女ヤダモンが引き起こす騒動とそれに巻き込まれる周りの人々の悲喜劇を軸に、魔女キラの企てる陰謀、そしてそれを阻止しようとする者達の物語である。
イルカ カッション イナリー ヒンズー ケミカル ヤブラン おりあお パララ アリーナ テリア キンバ マキャベ フードル ハイファイ マイル けんち バルジ ビリティ ビスケ ボール オセロッ ロス ストップ マリン ローエン ランタナ ギブアウ キドニー コーヒー ヒヤシ ファクタ ジュレハ ショベルカ ライフ リック ドレス シーエム ガヤツリ レーン ケション ナラタ プレイ デパオク グロテ ハジャイ トリック シロシ ドット リナッ フィア
物語は、毎日10分ずつの1週間5話を一纏まりとし、幾人かの視点から並行に展開する。
主な視聴者層として幼児を想定した時間枠ながら、後半からはキラの陰謀を中心とするシリアスで複雑なストーリーとなってゆく。
それまでの「魔法少女物語」とは、下記の点で異なる。
主人公・ヤダモンは、主にトラブルメーカーとして機能する。
従来の魔法少女ものでは主人公の魔法能力や正体は俗世の人間には秘密にされる傾向が強いが、本作では逆に、本人が「自分は魔女だ」と公言しているが周囲のほとんど誰にも信じてもらえない。
呪文は、ヤダモンが魔法を使う時に口走る「ティラクル・ラミカル・レルラミルー」があるが、この物語の魔女達は特に唱えなくても魔法が使える。つまり、他のいわゆる魔法少女物語のような決まった呪文というものはない。
この物語の魔女達の特徴として、魔法を使うときはヘアスタイルが羽を広げた蝶のような形に変化する。力の強い魔女は簡単な魔法では変化しない。
などを特徴とする。
また、最終話の衝撃的な結末は、その解釈についてファンの間で議論を呼んだ。
魔女の森の女王に追放されて人間界に修行にやってきた魔女・ヤダモンは、時の妖精タイモンと共にルブラン家に居候する事になる。 ヤダモンは、彼らと暮らす中で学び、遊び、時には我侭や悪戯で警告の×（バツ）マークをつけられたりしながら、ジャン、マリア、エディ、ハンナといったクリーチャーアイランドの人々と様々な経験をしていく。
しかし、平和な日々を送る中で、謎の卵を中心とする魔女・キラの陰謀が進行しており、人間界や魔女の森、妖精の森の人々はそれぞれにその渦の中に巻き込まれてしまう。 最終話では、復活を果たしたキラとヤダモンの決着が描かれる。
主な登場人物
ヤダモン（声：かないみか）
本作の主人公。人間推定年齢5歳。落ちこぼれ魔女な上、悪戯が過ぎた（満月の夜に妖精の森を箒で飛び回り破壊した）ため、母である魔女の森の女王によって魔女の森を追放され、人間界のルブラン家にやってくる。寝起きは最悪で作中でもタイモンやルブラン一家、ブッチ兄弟まで投げ飛ばされた事があるが、ウィリアムだけは投げ飛ばされた事がない。
使える魔法は、当初、満月の夜とタイモンが時を止めた時にだけ箒（人間界では掃除機）に乗って空を飛ぶことが出来るだけだったが、後に特訓して1人で飛べるようになったり、魔法石（ブローチ）の力を借りて少しずつ他の魔法も使えるように成長していく。緑色の髪の毛。魔法を使うとアゲハチョウ系の形になる。
先述の通り、悪戯好きで我侭な性格だが、純粋で嘘は付かない。マリアの作ったドーナツとアイスクリームが大好物。
魔女の森最後の子供で、彼女の後に新しい魔女は誕生していない。
タイモン（水原リン）
ヤダモンを追いかけて人間界にやってきた妖精。人間推定年齢11歳。魔女の森の隣にある妖精の森の王子であり、時を一定の間だけ止めたり操ったりすることができる。
人間界に来る際、父親・妖精王によりぬいぐるみの様な姿に変えられたが、真の姿は美少年。
温かいシャワーとイチゴが大好物。冷水をかけられたり、心理的ショックを受けるとムンクの『叫び』の様な状態になる。
妖精の森最後の子供。
ジャン・ルブラン（声：岩坪理江）
ヤダモンの滞在先であるルブラン家の一人息子。7歳。ヤダモンの親友にして兄のような立場にある。
当初は、ヤダモンが魔女であることを全く信じていなかった。
シューティングゲームが大の得意。夢は宇宙物理博士になること。
絵を描くのも上手く、ヤダモンの魔法によってジャンの描いた絵が動き出す話もある。また、最終回ではジャンの描いたヤダモン像が非常に印象的な小道具として使われる。
彼の名付け親はNHK製作プロデューサーの久保田弘（#スタッフ参照）。彼は「アニメ三銃士」「アニメひみつの花園」でもプロデューサーを務めており、各作品ごとに「ジャン」という名のキャラクターを登場させている。
ハンナ・フローゼ（声：南杏子）
ジャンのガールフレンドで同級生。7歳。ミュージカル女優を目指している。
父親・ヨハンは研究所で働いている。母親とは死別。
ジャンから、永遠の友情の証しとして月の雫・テクタイトをもらい受けた。
マリア・ルブラン（声：鈴木麻巳）
ジャンの母親。黒人の血を引いていて肌が黒い。クリーチャーアイランド研究所所長で、生物学者。33歳。通称、ジャンママ（ヤダモン命名）。
仕事も家事も抜群にこなすスーパーウーマン。料理の腕は天下一品。
普段はとても優しいが、怒るととても怖い。彼女が放つ怒気は、離れたサバンナにいる動物ですら震え上がる程。実は良家の子女。
旧姓・ビノシュ。
エドワード・ルブラン（声：二又一成）
ジャンの父親。クリーチャーアイランド研究所勤務の科学者・獣医。33歳。愛称はエディで、作中ではほとんどこの呼び方をされる。通称、ジャンパパ（ヤダモン命名）。
趣味はアウトドア全般。カヌーの腕前は抜群。
研究者でもある父・ウィリアムがガラパゴスで発見した謎の卵の研究をしている。
ブッチ（声：安西正弘）
研究所の謎の卵を盗もうとして異母弟・エンリコと共に侵入したが、ヤダモンの活躍で見事に失敗し、以来エディの好意で研究所で働いている。
自称「ブッチ動物ものしり博士」。実はエディとは大学の同級生。
いつも丸いサングラスをしているのはつぶらな目を隠すため。学生時代のあだ名は「つぶらなブッチ」だった。
ヤダモンを「スーパー女の子」と呼ぶ
フルネームはブッチ・バッティスタ・ジラルディ・キャビュレットだが、作中で呼ばれることはない。
エンリコ（声：塩沢兼人）
天才プログラマー。兄ブッチと共に研究所で働いている。
ずんぐりむっくりの兄とは正反対の、細身で長身。異母兄のことを「お兄たま」と呼び慕っている。
ヤダモンを「スーパーお嬢様」と呼んでいる（ブッチの呼び方を丁寧にしたものらしい）。
帽子の中には七つ道具が隠されており、全てを見たものはいない。中には初恋の人の新聞記事の切り抜きも入っている。
フルネームはエンリコ・バッティスタ・ジラルディ・キャビュレットだが、ブッチ同様作中で呼ばれることはない。
女王（声：川浪葉子）
ヤダモンの母。魔女の森の女王。魔法力の光と闇のバランスが非常に良いため強大な力を持つ。娘同様寝起きは最悪らしい。
キラと共にベリアルの元で魔法を学んでいた。
ヤダモン、ベリアルと同様、本名は不明だが、アニメスタッフの間からは「ママモン」「ママダモン」という愛称があるらしい（コミックス版でもヤダモンが彼女の事を「ママモン」と呼ぶ場面がある）。
床までつきそうな金髪に、白・赤・青・黒が混ざる。コミック版では巨大なアゲハチョウ型に広がるが、アニメでは作画が非常に大変なので、「強大な力を持ち羽を広げなくても魔法が使える」という設定にしてあり、広げているシーンはエンディングに使われているSUEZENによるオリジナルイラストでしか見られない。
DVD-BOX2では映像特典として、ヤダモンの変身シーンの変わりに女王が羽を広げるOPを見ることが出来る。
ヤダモンにつけられる×マークは、彼女によるもの。
キラ（声：皆口裕子）
闇の力に魅せられた魔女。はるか昔、闇の力で破壊の限りを尽くした（コミックス版では『闇の召喚魔法』を使い、魔女の子供達の命を奪うという結果をもたらした）ため女王とべリアルによって卵に封印されたが、ヤダモンをそそのかして封印を破り復活。魔女が滅ぼさない為、ある計画を企てる。
卵はジャンの祖父、ウィリアムによって発見された。
非常に丁寧で上品な言葉遣いが特徴。
栗色の髪の毛。魔法を使う時、スズメガ系の形になる。途中から、ヤダモンの姿に変身して行動する。
DVD-BOX2では映像特典として、キラの変身シーンも見ることが出来る。
マナティ（声：中村紀子子）
クリーチャーアイランドの洞窟の奥深くに住むマナティ。魔法を使い、テレパシーで会話する。ヤダモンからは「マナティおばさん」と呼ばれる。
ヤダモンの成長を助け、見守る存在。女王が追放先をクリーチャーアイランドにしたのも、ここに彼女がいるからである。
魔女達とははるか昔から親交があった。
実際のマナティの尾は平たい丸型だが、彼女の尾はイルカのように二又に分かれている。
ベリアル（声：岡のりこ）
女王とキラの魔法の師匠にあたる、偉大な魔女。人間界・魔女の森で共に「べリアル（聖なる魔女）」の称号で呼ばれる。あくまでも称号であり、本名は知られていない。
クリーチャーアイランドに咲く不思議な花・パミラスの伝説（実はキラと魔女達との戦いが元ネタ）にもその名が出てくる。
白い蝶に変身し、ヤダモンの魔法の修行を手助けした事もある。
白い髪の毛。魔法を使う時、ヤママユガ系の形になる。
シンウィ（声：松本保典）
妖精王に仕える泡の妖精。タイモンを溺愛しており、ヤダモンを毛嫌いしている（前述のヤダモンがしでかした悪戯が大きな理由）。小説版では幼少時女王が妖精の森に留学に来ていた頃の幼馴染の設定。
興奮すると大量のシャボン玉を出す。またこのシャボン玉は丈夫で、人間を数人入れることも出来る。
凶悪な砂の妖精バクドを追って人間界にやってきた後、妖精王からの使いとして時々タイモンの元にやってくるようになる。
ウィリアム・ルブラン（声：槐柳二）
ジャンの祖父でありエディの父。著名な研究者。
ガラパゴスで巨大なサボテンに守られていた謎の卵を発見した。
通称、ジャンパパパパ（ヤダモン命名）。
リック（声：山崎たくみ）
ジャンの学校の同級生。ガキ大将だが根は善良。当初は事ある毎にジャンをからかったり虐めたりしていたが、徐々にジャンの良き遊び友達となっていく。父親はオパシティの警察官。
ドラえもんでいう所のジャイアン的なキャラである。
ピート（声：コヒエミオコ）
ジャンの学校の同級生。リックの腰ぎんちゃくで、いつもリックの言うことをオウムのように繰り返す。実家は花屋。名前の由来はリックの言葉を繰り返す＝リピートから。
ドラえもんでいう所の、スネ夫的なキャラである。